拥有公平数据:提高理解的蛋白质碎片

6月10日,2021年出版

小说独特的分子形式的蛋白质——又名proteoforms——癌细胞中发现当研究人员从ICR设施的重新分析数据21 t FT-ICR仪器(右)与新软件(左;图改编自Wenrong陈和刘晓文。Proteoform RNA-Seq和自顶向下相结合质谱鉴定。蛋白质组研究学报,2021,20卷,第269 - 261页。)

重用MagLab离子回旋共振的设施数据改善理解蛋白质碎片和辅助设计和发布新的算法和软件工具。这是代表一种新的MagLab用户:数据的用户,访问MagLab数据从公共数据存储库推进独立研究的目标。

发展是什么?

在这个强调,我们开发软件功能数据用户工作改进识别完整蛋白质的高分辨率质谱(又名-自上而下的蛋白质组学)。原始数据集出版于2017年作为基准的性能研究21 t FT-ICR系统自上而下的结直肠癌细胞的蛋白质组学分析。它已经被引用在海报和两篇论文来测试新的数据分析算法和软件包,展示公平实现的增强的影响(访问,可发现的可互操作和可重用)MagLab数据。

研究者从多个独立机构利用数据已被其他研究人员在MagLab以前收集和储存在实践符合公平原则。分散的数据被用来执行统计分析模式来优化搜索算法确定完整的蛋白质质谱数据,展示的发现模式的工作流饲料资源管理器软件和测试使用TopPG软件发现小说proteoforms参与大肠癌。

为什么这个很重要?

重用MagLab离子回旋共振的设施数据改善理解蛋白质碎片和辅助设计和发布新的算法和软件工具。当数据再分析使用数据库创建TopPG,数以百计的未知proteoforms被发现这可能直接临床相关性大肠癌。的数据用户的证明MagLab数据可发现的,可,可互操作的、和可重用(公平)促进知识、发现和创新。作为公平数据实践成长,MagLab将生成的数据的影响被放大在新发现的自我循环。

为什么他们需要MagLab ?

高质量的数据完整的蛋白质需要超高质量分辨能力,质量精度、灵敏度、光谱采集率。21 T FT-ICR质谱仪提供所有这些功能,这种特殊的结直肠癌数据集获得名声作为一个“黄金标准”来测试算法和软件性能。

影响产品的研究

瑞祥太阳,Ruimin王郝Chi,曹国伟,思敏,他应通用电气。TP 654:“统计分裂模式发现完整的蛋白质根据大规模自上而下的MS / MS谱”。第65 asm质谱与盟军会议主题印第安纳波利斯,印第安纳州,6月4 - 8 (2017)。

吴Zhijie大卫·s·罗伯茨杰克·a·梅尔,肯特温格莫莉吉姆,谊文顾,Sudharshanan Govindaraj拉马纳坦,伊丽莎白·f·Bayne晓文Liu瑞祥太阳,艾琳·m·Ong肖恩·j·McIlwain,应通用电气。“土豆泥Explorer:自上而下的蛋白质组学的一个通用的软件环境。”蛋白质组研究期刊》的研究。2020年,19卷,页3867 - 3876。DOI: 10.1021 / acs.jproteome.0c00469

Wenrong陈和刘Xiowen。“Proteoform RNA-Seq和自顶向下相结合质谱分析鉴定。”蛋白质组研究期刊》的研究。2021年,20卷,页261 - 269。DOI: 10.1021 / acs.jproteome.0c00369

细节为科学家

查看或下载的专家级科学强调,MagLab公平数据授权的数据用户的

资金

创建支持的原始数据集是MagLab (NSF dmr - 1644779 9 Boebinger,佛罗里达州)和国家资源的转化和发展基于蛋白质组学的西北大学(N.L.凯莱赫,NIH P41GM108569)。爱游戏提现客服

数据用户研究资助授予瑞祥太阳^1、3(2013年中国“973”基金cb911200,自然科学基金委31670837);应通用电气²(NIH R01GM125085 R01HL096971 GM117058 S10OD018475);晓文刘⁴(NIH R01GM118470 R01GM125991 R01AI14625)

¹中国科学院计算技术研究所,北京,²威斯康星大学麦迪逊分校³爱游戏提现客服国家生物科学研究所,北京,⁴印第安纳州立大学普渡大学;多个部门

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